Su fundación se atribuye a un asentamiento celta del siglo IV que posteriormente daría el relevo a un poblado germánico y sucesivamente a eslavos y Ávaros.
Su primer apogeo vino cuando Carlos I y IV de Bohemia fue elegido Emperador del Sacro Imperio Romano Germánico en 1346. Es el esplendor gótico con la Catedral de San vito, el Puente de San Carlos y la primera Universidad de la Europa central.
En los siglos XVIII y primera mitad del siglo XIX Praga experimenta un gran desarrollo fruto del crecimiento económico. Mercaderes y nobles de Europa construyen iglesias y palacios. Es el Barroco.
Llega la dominación austrohúngara y un nuevo esplendor, en el XIX se convierte en centro del nacionalismo checo y le acompaña una nueva explosión cultural e intelectual. Se construue el Museo Nacional, el Teatro Estatal y el Rudolfinum.
En 1918, como consecuencia de la Primera Guerra Mundial, se funda Checoslovaquia, y el nuevo presidente de la república convierte a Praga en sede de su gobierno y capital del estado checo.
El siglo XX es duro, primero la ocupación nazi, el ejército de Hitler ocupa Praga, que sufre la persecución del pueblo judío, siendo capturados y exterminados en Campos de Concentración. En 1945 sufre un bombardeo por error por parte del ejército estadounidense al confudirla con la ciudad de Dresde. El pueblo checo se rebela tras liberar el ejército soviético la ciudad y causan la muerte de varios ciudadanos de origen alemán.
Después en la segunda mitad, el comunismo soviético con un intento fallido de recuperar la democracia en la Primavera de Praga de 1968. Con la caida del Muro de Berlín los checos logran desvincularse del régimen comunista en la denominada Revolución de Terciopelo, dando lugar al denominado Divorcio de Terciopelo cuando la parte eslovaca se desliga completamente.
Así en 1993, se dividen pacíficamente la República Checa y Eslovaquia. Praga pasa a ser la capital de la República Checa.
En agosto de 2002 el río Moldava se desborda y causa graves daños en la ciudad, necesitando dos años para recuperarse.
En el 2004, la República Checa pasa a formar parte de la Unión Europea, estableciendo la base de lo que es el estado moderno en el que se está transformando.